Raiden es un miembro de una unidad de fuerzas especiales de la era digital, entrenado mediante Realidad Virtual. En su papel de nuevo miembro de la unidad FOXHOUND, fue el responsable de la resolución del incidente de la toma de Big Shell, el incidente de Manhattan.

Su única experiencia en combate anterior a esta misión de infiltración en solitario en Big Shell, que había sido capturada por el grupo terrorista Sons of Liberty, fue el entrenamiento mediante realidad virtual que recibió por parte de la unidad experimental Task Force 21 del ejército americano. En el momento de su despliegue actuaba con el nombre en clave Snake, pero se cambio rápidamente al de Raiden tras descubrir que el líder de los terroristas también se hacia llamar Snake.

Sus objetivos en la misión de infiltración eran rescatar al presidente James Jhonson y desmantelar el grupo terrorista. Se infiltró equipado con el traje cerebro y recibió apoyo de Rosemary y Campbell. Raiden acabo recuperando la memoria, borrada por Solidus Snake, el cerebro de la toma de Big Shell. Raiden fue un niño soldado sin pasado que no aparecía en la base de datos de la NSA, la CIA o el FBI.

En los años 80, Raiden lucho en la guerra civil de Liberia a las órdenes de Solidus Snake. Era una máquina de matar conocida como “Diablo Blanco” o “Jack el destripador”. En posesión de armas desde los 6 años, demostró ser un gran soldado llegando a convertirse en capitán de la unidad de niños cuando solo tenia 10 años. Raiden intento olvidar su pasado y nunca se lo mencionó a su novia, Rose.

Raiden estaba siendo manipulado por un programa preparado por GW. El sistema GW estaba recreando los acontecimientos del incidente Shadow Moses para producir el soldado más fuerte del mundo mediante la “Simulación Solid Snake”. Según Solidus, quería convertir a Raiden en una copia del soldado más fuerte de la historia, Solid Snake, forzándolo a enfrentarse a un escenario similar al incidente de Shadow Moses. Pero el verdadero Proyecto S3 de los Patriots no era la “Simulación Solid Snake”. El verdadero Proyecto S3 era la “Selection for Social Sanity” (Selección para la cordura social) de los Patriots, un sistema que controlaba la mente de las personas gracias al control de la información. Raiden fue seleccionado como sujeto sobre el que realizar las últimas pruebas de este proyecto. La razón para escoger un escenario similar al de Shadow Moses fue la naturaleza extrema del incidente. Creó el conflicto de Shadow Moses para probar los límites del Proyecto S3, para ver si GW podría funcionar correctamente incluso en esas circunstancias. Cuando Solidus Snake secuestro el Arsenal Gear y lo llevo hasta la costa de Manhattan, el falso Colonel (IA) y Rose, que habían sido creados como una ilusión en la mente de Raiden por la IA de los Patriots, explicaron la verdad a Raiden. Los Patriots y Solidus Snake lo habían utilizado. Incluso su nombre en clave Raiden, un tipo de caza utilizado por los japoneses en la Segunda Guerra Mundial, hacía referencia a su naturaleza de arma desechable. Gobernado, por primera vez, por su propia voluntad, Raiden se enfrento a Solidus en un duelo y gano. Luego, libre de los vínculos con los Patriots, Raiden se fue a vivir con Rosemary, pero lentamente comenzó a recordar los trágicos y tortuosos momentos de sus días como niño soldado. Esto causó tensiones en su relación y acabo por abandonarla.

Tiempo después, Raiden descubrió que la hija de Olga, Sunny, estaba siendo retenida en el área 51, consiguió rescatar a Sunny con la ayuda del grupo de resistencia contrario a los Patriots, el ejercito Paradise Lost, comandados por Big Mama. Tras enterarse del aborto de Rosemary y su posterior boda con Roy Campbell, Raiden quedo abatido. Dejo a Sunny al cuidado de Hal Emmerich y Solid Snake, y comenzó a trabajar para recuperar los restos de Big Boss que seguían en manos de los Patriots, con la intención de dárselos a los soldados de Paradise Lost. Eso hizo que fuera capturado. Mientras lo mantuvieron prisionero, los Patriots utilizaron a Raiden en experimentos de cirugía de potenciación mediante exoesqueletos. Raiden fue sujeto a todo tipo de pruebas de investigación de los Patriots para crear un soldado perfecto, tal y como hicieron con Gray Fox cuando lo convirtieron en el potentísimo Cyborg Ninja, aunque bajo el efecto de fuertes drogas. Con la ayuda del ejército Paradise Lost, Raiden consiguió escapar de su cautiverio. Tras someterse a cirugía para liberar su cuerpo de las nanomáquinas implantadas por los Patriots, consiguió recuperar los restos de Big Boss que ellos retenían. Pero las mejoras implantadas en el cuerpo de Raiden eran demasiado importantes y poderosas como para poder llevar una existencia normal, así que decidió desaparecer de la vida de su prometida, Rosemary. En sus idas y venidas por el mundo, Raiden estudio técnicas de reconocimiento bajo la enseñanza de un shaman nativo americano que vivía en Alaska. También aprendió a cazar. Tras recibir ordenes de Big Mama para que ayudara a Solid Snake y lo llevara hasta los soldados de Paradise Lost, Raiden volvió al campo de batalla una vez mas.

Fue entonces, durante los actos de Metal Gear Solid 4, que Jack estuvo a punto de perder su vida al ayudar en varios momentos a Snake. Peleó arduamente contra Vamp en sudamérica para asegurarle una vía de escape segura a Snake en el Helicóptero piloteado por Otacon, terminando con graves heridas que solo el Dr. Madnar podría ayudar a sanar. Tiempo después volvió a encontrarse, en Shadow Moses, frente a un Vamp sin la capacidad de regeneración que lo mantenía con vida, gracias a Snake que le inyecto los supresores de namomaquinas y luchó a muerte con éste provocando así, el fin del asesino de Emma Emmerich, que moriría minutos mas tarde gracias a Naomi Hunter. En el escape de la isla a bordo del Metal Gear REX, Raiden queda atrapado bajo unos escombros. Luego de esto, Raiden, al ver a su amigo apunto de sucumbir ante la desesperanza, se corta un brazo y detiene el avance del coloso Outer Haven, salvando así, una vez más la vida de Snake. Tras esto, Jack perdió el otro brazo. Finalmente, Raiden acude por última vez en ayuda de Snake a bordo de Outer Haven, lucha sin brazos contra un grupo de FROGS, donde finalmente gracias a la desconexión de GW, él sobrevive. Tiempo después sería rearmado con un nuevo exoesqueleto que asemeja el cuerpo humano casi completamente, se reencontraría con Rosemary, quien le contaría toda la verdad tras su falso matrimonio con Roy Campbell, y le presentaría a su pequeño hijo, el pequeño Jhon.