La verdad es que yo uso muchos los pendrivers en la PS3 y siempre los he sacado sin ningun problema de que se me aya borrado algo.
Aunque si tienes miedo de que le pueda para algo de lo que llevas dentro del pendriver, haz lo que te dicen por ahí arriba, apaga la consola antes de sacarlo, aunque hago incapié en que a mi nunca me ha ocurrido nada y no creo que me ocurra.