La de 60gb es la mejor opción, más que nada por el hecho de que tiene retrocompatibilidad, es decir, puedes usar en ella juegos de PS2 o PSX.
Las demás diferencias que tambien las han mencionado más arriba para mi no son tan importantes, pero si significativas, sobre todo la falta de lector de tarjetas de memoria (de camaras digitales, moviles, etc).
A hoy día es más dificil encontrar la de 60gb, aunque en algunos lugares aún puede quedar alguna. Así a todo, si compras la versión de 40gb no creo que te arrepientas con el tiempo, seguro que le sacareis mucho partido.
Por cierto, bajo mi punto de vista es un REGALAZO en toda regla, que la disfruteis.