Constantin Hantzopoulos, Director de los Estudios de Sega en América, ha declarado en el último Podcast de los chicos de 1UP que la compañía y Obsidian Entertainment ya piensan en la secuela de Alpha Protocol, a pesar de que aún quedan varios meses para que la primera entrega se ponga a la venta para PlayStation 3, Xbox 360 y PC.

Hantzopoulos comentaba que tras la fase de de depuración de Alpha Protocol, en la que se han eliminado algo más de 40.000 bugs, han surgido nuevas ideas que se han guardado para Alpha Protocol 2.